Là máy tính bảng đầu tiên với bộ xử lý bốn nhân Tegra 3 mới nhất của NVIDIA và thừa kế từ các thành công của máy tính bảng trước đó của ASUS. Sau khi bị các vấn đề về kết nối Wi-Fi, sự chậm trễ trong xử lý và một số lỗi GPS, một nhà phát triển, thành viên của diễn đàn xda-developers đã phát hiện ra rằng ASUS Transformer Prime đã bị khóa bộ nạp khởi động.

Cũng theo diễn đàn này, bootloader của Transformer Prime không chỉ bị khóa, nó còn bị mã hóa với mã AES 128-bit, làm cho nó gần như không thể crack. Với một bootloader bị khóa, chủ sở hữu sẽ không thể cài đặt các ROM khác nhau hoặc tùy chỉnh phần mềm được cung cấp cùng với thiết bị. Nó mất đi lý do chính mà nhiều người cần khi chọn mua thiết bị Android. Một số những người đam mê Android rất khó chịu với quyết định này của Asus và đã bày tỏ sự bất mãn của mình bằng cách tổ chức một chiến dịch trên trang Facebook của ASUS ở Bắc Mỹ để buộc công ty này phải mở khóa cho bootloader.

Trước đây, HTC đã sử dụng một phương pháp tương tự như trên để khóa trên các thiết bị của họ. Sau khi người sử dụng phản đối kịch liệt, nhà sản xuất đã đồng ý mở khóa cho tất cả các điện thoại được phát hành sau tháng 9 năm 2011. Và trong một nỗ lực có thiện ý, họ cũng đã mở khóa một số điện thoại cũ hơn như HTC Incredible 2 và Thunderbolt.